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한국농촌경제연구원(KREI) 송미령 연구위원 등은 ‘포괄보조금 제도 운영의 실태와 개선 방향’ 연구를 통해 포괄보조금 제도 시행 초기 시점에서 나타나는 문제점을 점검하고 개선 방안을 제시했다. 특히 기초생활권의 대부분인 농어촌 지자체에서 나타나는 문제점을 집중 조망했다. 포괄보조금은 광역·지역발전특별회계의 지역개발계정을 포괄보조 방식으로 지원해 지자체가 예산한도 내에서 자율적‧창의적으로 지역개발사업을 선택‧추진할 수 있도록 하는 예산지원 방식이다. 2011년 기준 광특회계 지역개발계정은 약 3조 6000억 원 규모이다.
중앙정부 차원에서 살펴보면, 아직까지는 지방의 자율적‧창의적 사업을 유도할 수 있는 여건 조성이 미흡하다. 비법정계획으로서 기초생활권 발전계획 이행을 위한 제도적 수단이 마련되어 있지 않고, 부처별 공간 분할로 인한 제도 운영의 비효율성‧비효과성 문제도 나타나며, 여전히 내역사업별평가가 이루어져 광특회계 전체나 지역 전반에 대한 평가가 부재하다. 예산 재원 배분의 적합성 문제, 지역의 재정 여건에 관계없이 동일 보조율이 적용되는 문제, 사업의 유사‧중복성이나 계정 간 사업 배치의 적절성에 대한 논란도 제기된다.
지자체 차원에서는 전반적으로 제도에 대한 이해가 부족해 통합적․창의적‧자율적 지역개발사업이 활발히 이루어지지 못하고 있다. 아직까지는 기존 단위사업 원형이 그대로 존재하며, 전반적으로 기획역량과 거버넌스 구축이 미흡한 실정이다. 내역사업 위주의 예산편성으로 여전히 유사사업의 통합이나 관련 사업의 연계 추진 등에는 한계가 있다. 광역지자체는 중간자 역할이 미확립된 상태에서 예산을 전달하는 수준에 머물러 포괄보조금 제도 틀 속에서 한정된 역할만을 수행하는 측면이 있다.
이러한 문제점들에 대해 KREI 송미령 연구위원은 “중앙정부와 지방의 현실적 여건을 충분히 고려하여 제도 개편의 기준을 제시해야 하며, 지역 통합적 개발을 지향하겠다는 당초 취지에 흔들림이 없다면 지역의 담당 공무원 역량 강화 및 중앙정부의 정책 관리 기반을 구축하는 데 노력해야 한다”고 밝혔다. 이를 위해서는 기초생활권 발전계획과 포괄보조사업계획을 통합하고 신규사업 계획 및 예산 등이 연계될 수 있도록 해야 하며, 부처별 포괄보조사업 가이드라인을 개선하고 지역발전위원회 중심으로 통합하는 작업이 필요하다. 지방의 예산편성 권한을 확대하고 사업내용 다양화를 도모하는 한편, 사업 성격에 따른 광특회계 내 사업 재조정도 필요하다. 예산 재원 배분 방식을 개선하고 배분 결과를 공개하며, 현행 3개 지역 구분을 도시와 농어촌으로 이원화시키고 지역 유형에 따라 차등 지원할 필요가 있다. 포괄보조금 제도의 성공적 정착을 위해서는 지역자율성 및 책임성을 강화하는 평가 체계로의 개선이 중요하며, 정책 주체의 역량 강화 및 통합적 추진 체계 구축이 필요하다.
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