농어촌특별세는 UR 협상이 타결되면서 농업·농촌의 경쟁력 제고를 목적으로 도입된 목적세 성격의 조세이다. 당초 농어촌특별세는 42조 원 투융자사업의 보완을 위한 재원으로 2004년까지 운용할 계획이었다. 하지만 한·칠레 FTA 협상이 타결되면서 향후 지속적으로 이루어질 FTA에 따른 투융자사업의 확대 필요성이 제기되어 2014년 6월 30일까지로 추가 연장되었다.
농어촌특별세의 운용에 대하여 일각에서는 세수·세출 간 연계성이 약하고, 수익자부담원칙이나 원인자부담 원칙이 제대로 지켜지지 않고 있어 목적세로서 제 역할을 다하지 못하고 있다는 이유로 단계적 폐지를 주장하고 있다. 한편 농업계를 중심으로 한·미 FTA의 발효와 한·중 FTA 협상이 진행되고 있는 상황이므로 추가 재원확보가 절실한 상황이며, 2014년 6월에 종료되는 농어촌특별세의 추가 연장은 불가피하다는 주장이 제기되고 있고, 국회에서도 추가연장을 위한 법안이 상정되어 있는 상황이다.
이 연구는 농어촌특별세가 2004년 7월 1일 도입된 이후 세입 측면에서 세입구조와 회계운용방식 실태 분석과 개선과제를 도출하며, 특히 세출 측면에서 농어촌특별세사업의 사업추진방식, 사업내역의 변화, 농어촌특별세의 지속적 운용의 타당성 여부 그리고 도입 목적 달성을 위한 농어촌특별세사업의 정책 개선방향을 제시하고자 수행되었다.
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